8月27日(月)に理研セミナーを開催致します。
今回、講師としてお招きする先生は、森宙史先生です。

日時
2018年8月27日(月) 16:30-17:30  横浜事業所中央研究棟2Fセミナー室1 (C214,216)

講師
森宙史 先生(国立遺伝学研究所生命情報研究センター)

タイトル
配列相同性検索ツールCLASTとPZLASTの開発

概要
配列相同性検索は、遺伝子の機能推定や転写産物の発現量の定量、多型の検出等、塩基配列やアミノ酸配列を用いる生命科学の広範な領域で日常的に利用されるバイオインフォマティクス技術である。既にBLASTに代表される多数の配列相同性検索ソフトウェアが開発され普及しているが、メタゲノム解析等の大量データかつ検出感度も要求され、さらに参照配列データベースも頻繁に更新する必要がある場合において、高速・高精度・高感度に配列相同性検索を実行可能なソフトウェアは未だほとんど存在しない。我々は、2014年にDNA対DNAの配列相同性検索について、上記条件を満たしたソフトウェア、CLASTを開発した(Yano M et al. BMC Bioinformatics, 2014)。CLASTはGraphics Processing Unitを計算に用いることで高速化を実現しているが、今回我々は、CLASTをZettaScaler2.2用に改良しさらなる高速化を達成した配列相同性検索ツールPZLASTを開発した。本発表ではPZLASTの概要とゲノムやメタゲノムデータへの利用例について紹介する。

URL
http://www.riken.jp/pr/events/seminars/201808027/

皆さまのご参加お待ちしております。